อีโคสคูล ได้นำแนวคิด “การพัฒนาโรงเรียนทั้งระบบ” (Whole-school Approach) มาเป็นแนวทางในการดำเนินงานและการบริหารจัดการโรงเรียน ตลอดจนการจัดกระบวนการเรียนรู้ตามหลักการสิ่งแวดล้อมศึกษา    ซึ่งสาระสำคัญของการพัฒนาโรงเรียนทั้งระบบคือการนำเรื่องของทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อมเข้าสู่การดำเนินงานของโรงเรียนในทุก ๆ ด้าน โดยกำหนดเป็น พันธกิจหลัก 4 ด้าน ตั้งแต่ นโยบาย การจัดการเรียนการสอน การจัดการสิ่งแวดล้อมในโรงเรียน รวมถึงการสร้างการมีส่วนร่วมและเครือข่ายที่ร่วมกันพัฒนาโรงเรียน โดยมีผู้บริหารโรงเรียนทำหน้าที่ผลักดันให้การพัฒนาโรงเรียนทั้งระบบเกิดประสิทธิผลและยั่งยืน